كان البشر يعيشون في مصر القديمة  قبل فترة طويلة من 3000 قبل الميلاد فوفقا لما ذكره بيير فيرميرش، الأستاذ الفخري للجغرافيا بالجامعة الكاثوليكية في لوفين ببلجيكا فإن "أقدم وجود بشري معروف في وادي النيل يقدر بحوالي 400 ألف سنة مضت"، في كتابه "مواقع الحياة في العصر الحجري القديم" الصادر عن مطبعة جامعة لوفين، سنة 2000.

ويعود تاريخ الزراعة في مصر إلى حوالي 5000 قبل الميلاد، حيث كتبت سالي كاتاري التي كانت أستاذة علم المصريات في جامعة لورنتيان في أونتاريو، في مقال أورده موقع لايف ساينس ونشر فى "موسوعة التاريخ القديم" (بلاكويل، 2013) أنه بحلول عام 4100 قبل الميلاد تم إنشاء قرى زراعية دائمة على مدار العام في أجزاء من مصر.

نمت بعض المستوطنات على مدار العام في نهاية المطاف إلى مدن، أصبحت نقادة وهيراكونبوليس (المعروفة أيضًا باسم نخن) مراكز حضرية مهمة بين 3500 قبل الميلاد و3000 قبل الميلاد، كتب ستيفن سناب الأستاذ الفخري للآثار المصرية بجامعة ليفربول في المملكة المتحدة، في كتابه "المدن الكاملة لمصر القديمة الصادر عام 2014: حوالي عام 3100 قبل الميلاد، توحدت مصر في عهد الفراعنة، وتم إنشاء نظام كتابة يُطلق عليه الهيروغليفية أما الكاهن المصري مانيثو أو مانيتون الذي عاش آلاف السنين في وقت لاحق، حوالي القرن الثالث قبل الميلاد فذكر أن أول حاكم لمصر الموحدة كان ملكًا يُدعى مينا".